Свежим управляющим соединенными силами Барак Обама выставил кандидатуру Аллена в начале октября 2012 года, но ее заявление в Сенате было отменено из-за принявшей огласку переписки адмирала с одной из фигуранток секс-скандала при участии начальника ЦРУ Дэвида Петреуса. Переписку назвали «вероятно несвоевременной», и Аллен стал фигурантом внешнего следствия, проводимого Пентагоном.
В начале февраля по результатам проверки с Аллена были сняты все недоверия, но спустя год он сообщил о том, что оставляет военнослужащую службу. При этом Аллен выделял, что его решение не было сопряжено с расследованием.